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PCR實(shí)驗(yàn)室原則上分為四個(gè)單獨(dú)的工作區(qū)域：試劑貯存和準(zhǔn)備區(qū)、標(biāo)本制備區(qū)、擴(kuò)增反應(yīng)混合物配置和擴(kuò)增區(qū)、擴(kuò)增產(chǎn)物分析區(qū)，為了避免交叉污染，進(jìn)入各個(gè)工作區(qū)域必須嚴(yán)格遵循單一方向進(jìn)行，即只能從試劑貯存和準(zhǔn)備區(qū)→標(biāo)本制備區(qū)→擴(kuò)增反應(yīng)混合物配制和擴(kuò)增區(qū)→擴(kuò)增產(chǎn)物分析區(qū)，各實(shí)驗(yàn)區(qū)之間的試劑及樣品傳遞應(yīng)通過(guò)傳遞窗進(jìn)行。
PCR實(shí)驗(yàn)室并沒(méi)有嚴(yán)格的凈化要求，但是為避免各個(gè)實(shí)驗(yàn)區(qū)域間交叉污染的可能性，適合用全送全排的氣流組織形式。同時(shí)，要嚴(yán)格控制送、排風(fēng)的比例以保證實(shí)驗(yàn)區(qū)的壓力要求。
1、實(shí)際貯存和準(zhǔn)備區(qū)：PCR實(shí)驗(yàn)室主要進(jìn)行的操作為貯存試劑的制備、試劑的分裝盒主反應(yīng)混合液的制備。試劑和用于樣品制作的材料應(yīng)直接運(yùn)送到這個(gè)區(qū)，不得經(jīng)過(guò)其他區(qū)域。試劑原料必須貯存在本區(qū)內(nèi)，并再本區(qū)內(nèi)制備成所需的貯存試劑。該區(qū)對(duì)與氣流壓力的控制沒(méi)有嚴(yán)格的要求。
2、標(biāo)本制備區(qū)：該區(qū)域主要進(jìn)行的操作為樣本的保存、核酸（RNA、DNA）提取、貯存及其加入值擴(kuò)增反應(yīng)管和測(cè)定DNA的合成。壓力梯度要求為：相對(duì)領(lǐng)巾區(qū)域?yàn)檎龎�，以避免從鄰近區(qū)進(jìn)入本區(qū)的氣溶膠污染，另外由于在加樣操作中可能會(huì)發(fā)生氣溶膠所致的污染，所以應(yīng)避免在本區(qū)內(nèi)不必要的走動(dòng)。
3、擴(kuò)增反應(yīng)混合物配制和擴(kuò)增區(qū)：該區(qū)域主要進(jìn)行的操作為DNA擴(kuò)增，此外，已制備的DNA模板（來(lái)自樣本制備區(qū)）的加入和主反應(yīng)混合液（來(lái)自試劑貯存和制備區(qū)）制備成反應(yīng)混合液等也可以在本區(qū)內(nèi)進(jìn)行。本區(qū)的壓力梯度要求為：相對(duì)于鄰近區(qū)域?yàn)樨?fù)壓，以避免氣溶膠從本區(qū)漏出。為避免氣溶膠所致的污染，應(yīng)盡量減少在本區(qū)內(nèi)的布必要走動(dòng)，個(gè)別操作如加樣等應(yīng)在超凈臺(tái)內(nèi)進(jìn)行。
4、擴(kuò)增產(chǎn)物分析區(qū)：該區(qū)域主要進(jìn)行的操作為擴(kuò)增片段的測(cè)定，本區(qū)是主要的擴(kuò)增產(chǎn)物污染來(lái)源，因此對(duì)本區(qū)的壓力梯度要求為相對(duì)鄰近區(qū)域?yàn)樨?fù)壓，以避免擴(kuò)增產(chǎn)物從本區(qū)擴(kuò)散至其他區(qū)域。

進(jìn)入實(shí)驗(yàn)室區(qū)域工作人員應(yīng)該按照以下路徑：

公共清潔區(qū)→更衣間（更換潔凈服）→緩沖間→污染實(shí)驗(yàn)區(qū)

工作人員退出實(shí)驗(yàn)室的路徑為：

污染試驗(yàn)區(qū)→緩沖間→淋浴間（有條件的可設(shè)置）→更衣間→公共清潔區(qū)